L’IEOM a été créé par la loi n° 66-948 du 22 décembre 1966.

Ses statuts ont été fixés par le décret n° 67-267 du 30 mars 1967 modifié par les décrets n° 85-403 du 3 avril 1985 et n° 86-892 du 28 juillet 1986, n° 92-760 du 31 juillet 1992 et n° 98-1244 du 29 décembre 1998 et n° 2006-1504 du 4 décembre 2006.

La loi 2009-594 du 27 mai 2009 pour le développement économique des outre-mer (codifiée aux articles L.712-6 et L.712-7 du code monétaire et financier) précise les missions remplies par l’IEOM sur

• la sécurité et le fonctionnement des systèmes de paiement ainsi que des systèmes de compensation, de règlement et de livraison des instruments financiers,
• l’établissement de la balance des paiements des territoires relevant de la zone d’intervention de l’IEOM.